Skupina molekulární charakterizace DNA reparačních drah onkologických patologií
"Skupina molekulární charakterizace DNA reparačních drah onkologických patologií"
Oddělení Molekulární biologie nádorů v rámci AVČR
Výzkumná skupina je tvořena vědci Akademie věd České republiky Ústavu experimentální medicíny a vědci Ústavu biologie a lékařské genetiky 1. lékařské fakulty a Všeobecné fakultní nemocnice v Praze.
Skupina se zaměřuje na studium nádorových tkání, nejčastěji kolorektálního a pankreatického karcinomu z hlediska molekulární epidemiologie i molekulárních mechanizmů tumorigeneze. Hlavním tématem skupiny je vyšetření reparační kapacity, ovlivnění reparační aktivity a studium podstaty odchýlení zdravé tkáně k procesu nádorové transformace. Podrobné zkoumání přináší do praxe použitelné výstupy ve smyslu diagnostických a prognostických markerů s výhledy pro individualizovanou terapii.
Studium reparačních drah probíhá na úrovni:
1/ chromozomů (cytogenetická vyšetření, CIMP, MSI, aCGH aj.)
2/ vytipovaných genů - studium asociace SNP s poruchou drah reparace, germline patologie, somatické patologie za použití tumorové DNA, netumorové DNA a cfDNA
3/ regulačních (epigenetických) mechanizmů - studium metylačního vzorce, miRNA, lncRNA
4/ ovlivnění tkání přírodními látkami pro zvýšení úspěšnosti léčby chemoterapií
Granty řešené v posledních dvou letech:
1. GAČR, P301/12/1734, Analysis of role of genetic factors in pancreatic cancer risk and prognosis. (2012-2016), EB, PI Dr. Souček, SZU
2. GAČR, P304/12/1585, Molecular characteristics of DNA repair in colorectal tumor tissue. (2012 – 2015) EB, PI: Dr. Vodička, 1.LF UK
3. GAČR, P304/15/08239S The diagnostic, predictive and prognostic role of microRNA signature in rectal cancer (2015-2017), EB. PI: Slyšková, ÚEM
4. GAČR, P303/15/14789S Stress response to DNA damage in colorectal carcinogenesis. (2015-2017) EB, PI: Dr. Vodička, ÚEM
5. IGA MZČR NT-13424, MiR137 and its influence on the production of mucin as a potential tool in early diagnosis of colorectal cancer or colorectal cancer relapse. (1.4.2012-2015)FJ, PI: Dr. Levý, Thomayerova nemocnice.
6. IGA MZČR NT 14329-3/2013, Evaluation of molecular and biological factors for prognosis of generalisation of surgicaly treated colorectalcancer. (1.5.2013-2015), PI: Dr. Liška, LF Plzeň
7. IGA MZČR NT 14056-3/2013, Molecular and genetic biomarkers in pathogenesis and resistency in ovarian carcinoma.(1.5.2013-2015), PI: Dr. Václavíková, SZÚ
8. Bilateral czech-american project MŠMT, LH 13061: Role of Ganoderma Lucidum Extracts in the Regulation of NFkB- DNA Repair-Proteasome Interactions in colorectal carcinogenesis. (2013-2015), PI: Dr. Vodička, ÚEM
9. SUSCEPTCOST MŠMT LD14050 Genetické a funkční determinanty nádorů tlustého střeva a konečníku a východiská k individualizované terapii (4/2014-4/2017).
10. AZV 15-27580A Taste perception, oxidative damage and colon microenvironment in colorectal carcinogenesis: impacts on the disease risk, prognosis and prevention (5/2015-2019); PI: Dr.Vodička, (1.5.2015-2019).
11. AZV 15-26535A (5/2015-2018) The role of genetic variations in microRNA genes and in microRNA binding sites in colorectal cancer in relation to personalized therapy. PI: Ing. Vymetálková, (1.5.2015-2019).
Členové skupiny:
Pavel Vodička, MD, PhD
Ludmila Vodičková, MD, PhD
Veronika Poláková-Vymetálková, Ing, PhD
Alena Opattová, Ing. PhD
Markéta Urbanová, MSc, PhD
Petra Bendová, MSc
Kateřina Jirásková, MSc
Linda Bártů, MSc
Soňa Vodenková, MSc
Andrea Čumová, MSc
Michal Kroupa, MSc
Alexandra Rejhová, MSc
Publikace v posledních dvou letech:
1) Vymetalkova V, Pardini B, Rosa F, Jiraskova K, Di Gaetano C, Bendova P, Levy M, Veskrnova V, Buchler T, Vodickova L, Naccarati A, Vodicka P. Polymorphisms in microRNA binding sites of mucin genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer patients.Carcinogenesis 2016 Nov 1. pii: bgw114. [Epub ahead of print] IF: 5.334
2) Vymetalkova V, Vodicka P, Pardini B, Rosa F, Levy M, Schneiderova M, Liska V, Vodickova L, Nilsson TK, Farkas SA. Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature. Epigenomics. 2016 Aug 16. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27529132. IF: 4.649
3) Campa D, Pastore M, Gentiluomo M, Talar-Wojnarowska R, Kupcinskas J, Malecka-Panas E, Neoptolemos JP, Niesen W, Vodicka P, Delle Fave G, Bas Bueno-de-Mesquita H, Gazouli M, Pacetti P, Di Leo M, Ito H, Klüter H, Soucek P, Corbo V, Yamao K, Hosono S, Kaaks R, Vashist Y, Gioffreda D, Strobel O, Shimizu Y, Dijk F, Andriulli A, Ivanauskas A, Bugert P, Tavano F, Vodickova L, Federico Zambon C, Lovecek M, Landi S, Key TJ, Boggi U, Pezzilli R, Jamroziak K, Mohelnikova-Duchonova B, Mambrini A, Bambi F, Busch O, Pazienza V, Valente R, Theodoropoulos GE, Hackert T, Capurso G, Martina Cavestro G, Pasquali C, Basso D, Sperti C, Matsuo K, Büchler M, Khaw KT, Izbicki J, Costello E, Katzke V, Michalski C, Stepien A, Rizzato C, Canzian F. Functional single nucleotide polymorphisms within the cyclin-dependent kinase inhibitor 2A/2B region affect pancreatic cancer risk. Oncotarget. 2016 Jul 29. doi: 10.18632/oncotarget.10935. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27486979. IF: 6.360
4) Försti A, Frank C, Smolkova B, Kazimirova A, Barancokova M, Vymetalkova V, Kroupa M, Naccarati A, Vodickova L, Buchancova J, Dusinska M, Musak L, Vodicka P, Hemminki K. Genetic variation in the major mitotic checkpoint genes associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Cancer Lett. 2016 Jul 15;380(2):442-446. doi: 10.1016/j.canlet.2016.07.011. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27424524.
5) Korenkova V, Slyskova J, Novosadova V, Pizzamiglio S, Langerova L, Bjorkman J, Vycital O, Liska V, Levy M, Veskrna K, Vodicka P, Vodickova L, Kubista M, Verderio P. The focus on sample quality: Influence of colon tissue collection on reliability of qPCR data. Sci Rep. 2016 Jul 7;6:29023. doi: 10.1038/srep29023. PubMed PMID: 27383461; PubMed Central PMCID: PMC4935944. IF: 5.228
6) Vodicka P, Musak L, Fiorito G, Vymetalkova V, Vodickova L, Naccarati A. DNA and chromosomal damage in medical workers exposed to anaesthetic gases assessed by the lymphocyte cytokinesis-block micronucleus (CBMN) assay. A critical review. Mutation Research, Reviews. In press IF: 6.213
7) Elsnerova K, Mohelnikova-Duchonova B, Cerovska E, Ehrlichova M, Gut I, Rob L, Skapa P, Hruda M, Bartakova A, Bouda J, Vodicka P, Soucek P, Vaclavikova R. Gene expression of membrane transporters: importance for prognosis and progression of ovarian carcinoma. Oncology Reports. In press IF: 2.301
8) Naccarati A, Rosa F, Vymetalkova V, Barone E, Jiraskova K, Di Gaetano C, Novotny J, Levy M, Vodickova L, Gemignani F, Buchler T, Landi S, Vodicka P, Pardini B. Double-strand break repair and colorectal cancer: gene variants within 3´UTR and microRNAs binding as modulators of cancer risk and clinical outcome. Oncotarget. In press IF: 6.360
9) Vodicka P, Musak L, Frank C, Kazimirova A, Vymetalkova V, Barancokova M, Smolkova B, Dzupinkova Z, Jiraskova K, Vodenkova S, Kroupa M, Osina O, Naccarati A, Palitti F, Försti A, Dusinska M, Vodickova L, Hemminki K. Interactions of DNA repair gene variants modulate chromosomal aberrations in healthy subjects. Carcinogenesis. 2015 Sep 8. pii: bgv127. [Epub ahead of print] IF: 5.334
10) Vodenkova S, Polivkova Z, Musak L, Smerhovsky Z, Zoubkova H, Sytarova S, Kavcova E, Halasova E, Vodickova L, Jiraskova K, Svoboda M, Ambrus M, Hemminki K, Vodicka P. Structural chromosomal aberrations as potential risk markers in incident cancer patients. Mutagenesis. 2015 Jul; 30(4):557-563. IF: 2.793
11) Vymetalkova V, Soucek P, Kunicka T, Jiraskova K, Brynychova V, Pardini B, Novosadova V, Polivkova Z, Kubackova K, Kozevnikovova R, Ambrus M, Vodickova L, Naccarati A, Vodicka P. Genotype and haplotype analysis of TP53 gene in breast cancer patients: association with risk and clinical outcomes. PlosOne 2015 Jul 30;10(7):e0134463. IF: 3.234
12) Childs EJ, Mocci E, Campa D, Bracci PM, Gallinger S, Goggins M, Li D, Neale RE, Olson SH, Scelo G, Amundadottir LT, Bamlet WR, Bijlsma MF, Blackford A, Borges M, Brennan P, Brenner H, Bueno-de-Mesquita HB, Canzian F, Capurzo G, Cavestro GM, Chaffee KG, Chanock SJ, Cleary SP, Cotterchio M, Foretova L, Fuchs C, Funel N, Gazouli M, Hassan M, Herman JM, Holcatova I, Holly EA, Hoover RN, Hung RJ, Janout V, Key TJ, Kupcinskas J, Kurtz RC, Landi S, Lu L, Malecka-Panas E, Mambrini A, Mohelnikova-Duchonova B, Neoptolemos JP, Oberg AL, Orlow I, Pasquali C, Pezzilli R, Rizzato C, Saldia A, Scarpa A, Stolzenberg-Solomon RZ, Strobel O, Tavano F, Vashist YK, Vodicka P, Wolpin B, Yu H, Petersen GM, Risch HA, Klein AP. Common variation at 2p13.3, 3q29, 7p13 and 17q25.1 associated with susceptibility to pancreatic cancer. Nature Genet. 2015 Aug;47(8):911-916. IF: 29.352
13) Aherne ST, Madden SF, Hughes DJ, Pardini B, Naccarati A, Levy M, Vodicka P, Neary P, Dowling P, Clynes M. Circulating miRNAs miR-34a and miR-150 associated with colorectal cancer progression. BMC Cancer 2015 Apr 30;15:329. IF: 3.362
14) Campa D, Rizzato C, Pacetti P, Vodicka P, Cleary S, Capurso G, Bueno de Mesquita BH, Werner J, Gazouli M, Butterbach K, Ivanauskas A, Giese N, Petersen G, Fogar P, Wang Z, Bassi C, Ryska M, Theodoropoulos G, Kooperberg Ch, Hassan M, Greenhalf W, Pasqual C, Hackert T, Fuchs Ch, Mohelnikova-Duchonova B, Sperti C, Funel N, Dieffenbach AD, Wareham N, Buring J, Holcatova I, Costello E, Zambon CF, Kupcinskas J, Risch H, Kraft P, Bracci P, Pezzili R, Olson S, Sesso H, Hartge P, Strobel O, Malecka-Panas E, Visvanathan K, Arslan A, Pedrazzoli S, Soucek P, Gioffreda D, Key T, Talar-Wojnarowska R, Scarpa A, Mambrini A, Jacobs E, Jamroziak K, Klein A, Tavano F, Bambi F, Landi S, Austin M, Vodickova L, Brenner H, Chanock S, Delle Fave G, Piepoli A, Cantore M, Zheng W, Wolpin B, Amundadottir L, Canzian F. The TERT gene harbors multiple variants associated with pancreatic cancer susceptibility. Int J Cancer. 2015 Nov 1;137(9):2175-2183. IF: 5.085
15) Dowling P, Hughes DJ, Larkin AM, Meiller J, Henry M, Meleady P, Lynch V, Pardini B, Naccarati A, Levy M, Vodicka P, Neary P, Clynes M. Elevated levels of 14-3-3 proteins, serotonin, gamma enolase and pyruvate kinase identified in clinical samples from patients diagnosed with colorectal cancer. Clin Chim Acta. 2015 Feb 20; 441:133-141. IF: 2.842
16) Hemminki K, Frank Ch, Foersti A, Musak L, Kazimirova A, Barancokova M, Horska A, Vymetalkova V, Smerhovsky Z, Naccarati A, Soucek P, Vodickova L, Buchancova J, Smolkova B, Dusinska M, Vodicka P. Metabolic gene variants associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Genes, Chromosomes and Cancer 2015 Apr; 54(4):260-266. IF: 4.041
