Skupina doc. RNDr. Marie Korabečné, Ph.D.
Výzkumná skupina vznikla v návaznosti na řešení projektu Ministerstva průmyslu a obchodu FR-TI1/328 „VaV certifikované technologie izolace DNA z histopatologického materiálu“ (hlavní řešitel Bio-Consult Laboratories, hlavní řešitel za Univerzitu Karlovu doc. M. Korabečná, Ph.D) řešený v letech 2009 - 2012. Aktivity skupiny rozvíjející dále témata započatá v rámci výše uvedeného projektu jsou schematicky znázorněné na obrázku. Ve všech naznačených směrech vítáme potencionální zájemce o spolupráci.
Aktuálně se zabýváme těmito okruhy problémů:
1/ Studium volných nukleových kyselin v plazmě a séru za fyziologických a patologických stavů
Studujeme změny celkového množství cirkulující volné DNA – cell-free DNA - cfDNA (Korabecna et al., Autoimmunity 2014) i vybrané sekvence cfDNA- například metylace promotorů genů, jejichž produkty hrají roli v imunitní odpovědi (Korabecna et al., Expert Opin Biol Ther 2012, Korabecna et al.- Blood Purif 2013).
Zaměřujeme se na studium cirkulujících mikroRNA (Koutová et al., Leuk Res 2015) i mikroRNA v moči (Pazourková et al., Adv Exp Med Biol –2016 in press).
Zajímá nás biologický význam jednotlivých sekvencí cfDNA v plazmě a séru (studium telomerických sekvencí v návaznosti na funkce imunitního systému - publikace A. Zinkové v přípravě). Etablujeme metodiky pro studium dlouhých nekódujících RNA (lncRNA) v plazmě nefrologických a onkologických pacientů (projekt PRVOUK).
V návaznosti na projekt TIP byla pro studium cfDNA etablována metodika Digital Droplet PCR, která byla dále rozvíjena v rámci projektu institucionální podpory VFN (http://www.vfn.cz/odbornici/institucionalni-podpora/, vykonavatel Prof. MUDr. Pavel Calda, Ph.D.). Výsledky byly publikovány (Svobodová et al. PLoS One 2015) a tento metodický přístupu je nadále využíván i při výzkumu mikrodisekovaných cirkulujících buněk – zdrojů cfDNA v plazmě.
Ve vztahu ke studiu volně cirkulujících nukleových kyselin nás zajímá nejen jejich potencionální diagnostické využití, ale také jejich význam v regulaci molekulárně biologických procesů.
2/ Nové metodické přístupy a populační studie ve forenzní genetice
V rámci rozvoje forenzní genetiky se zaměřujeme na vývoj a testování nových metodických přístupů. V rámci řešení projektu FR-TI1/328 jsme se zabývali testováním forenzní využitelnosti setu polymorfismů typu INDEL a možnostmi fenotypizace založené na SNP polymorfismech (určení barvy očí, vlasů a etnického původu) v naší populaci (Zidková et al. Int J Legal Med 2013, Zídková et al. Forensic Sci Int Gen Suppl 2013).
Dále budeme pokračovat výzkumem polymorfismů typu CNV a sekvenčních variant alel dosud využívaných polymorfismů typu STR v rámci projektu Programu bezpečnostního výzkumu ČR v letech 2015 -2020 „Využití DNA polymorfismů typu CNV pro určení stupně příbuznosti osob“, který bude řešen v letech 2017 až 2020 ve spolupráci s Kriminalistickým ústavem Praha.
3/ Studium mikrodisekovaných buněk a tkání
Využíváme možností LCM (Laser Capture Microdissection) v návaznosti na molekulárně genetickou charakteristiku mikrodisekovaných buněk a tkání (Korabecna et al., Neoplasma 2016, Zinkova et al. - molekulárně genetické vyšetření mikrodisekovaných terminálních klků z placent - v přípravě). V rámci projektu institucionálního výzkumu VFN (viz výše) využíváme technologie ISET firmy Rarecells k selekci, mikrodisekci a molekulární charakterizaci cirkulujících trofoblastů z krve těhotných žen (Korabecna et Jirkovska, Fetal Diagn Ther 2016). Tento tematický okruh navazuje na oba předchozí: Cirkulující trofoblasty jsou hlavním zdrojem fetální volné DNA detekovatelné v krvi těhotných a využívané pro neinvazivní prenatální diagnostiku. Zároveň je pro správnou identifikaci a výzkum těchto cirkulujících buněk nutná aplikace přístupů forenzní genetiky.
